ノリ共在細菌叢の 16S rRNA遺伝子配列解析

研究先 早稲田大学 先進理工学部 竹山研究室

目的

藻類の共在細菌は宿主に必須栄養素を供給しているという論文が発表され、スサビノリの栄養や味・色彩にも共在細菌が関与している可能性があると考えられる。本研究ではスサビノリの産地・時期、状態による細菌叢の違いを調べることを目的とする。

方法

すべての細菌は 16S rRNA遺伝子という配列を持っている。この 16S rRNA遺伝子は 9 個(V1.V9)の可変領域を含んでおり、本研究ではこのうち V3.V4 をターゲットにしたプライマーを使用して PCR を行った。この PCR から獲得した 16S アンプリコンに必要なアダプター配列を付加し、次世代シークエンサー MiSeq を用いてメタ 16S 解析を行った。得られた配列データにクオリティコントロールを行い、残った配列データを 96%.97% の配列類似度を持つリード同士を 1 つの Operational Taxonomix Unit(OTU)としてグループ化した。また、各 OTU の代表配列を公共 16Sデータベースに対して類似度検索を行い(Blast検索)、各 OTU の菌種帰属を行う。そして、菌種組成の解析を行った。

結果

約10万リードの配列を獲得することが出来た。獲得した配列データを OTU クラスタリングすると約 9 万リードが OTU 1 に属していた。 OTU 1 はスサビノリの葉緑体ゲノムだと判明した。菌種組成解析を行うと、産地・時期により細菌叢が変化することが確認できた。

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